Buda visszafoglalása (1686) után indul meg a város újjáéledése. A török elöl menekülő népek csoportjai érkeztek Szentendrére. 1690-ben több ezer szerb érkezett a városba Csarnojevics Arzén pátriárkájuk vezetésével, de jöttek velük dalmátok, bosnyákok, macedónok, albánok, görögök, horvátok és cincárok is. Egy korabeli feljegyzésben olvashatjuk: „…Letelepedtünk egy Szentendre nevű helyen, Buda fölött. Jó hely idegenek tartózkodására. Egyesek Bulgáriának, mások Szent-Andrásnak hívják. És itt építettünk faházakat, ahogy ki bírt és fából való templomokat…”

Egy 1696-os összeírás szerint kb. 6000 szerb élt az akkori városban. Az azonos vidékről származó csoportok a letelepedés után is együtt maradtak, saját templomot építettek, melyeket korábbi lakóhelyükről neveztek el és ezek köré húzták fel lakóházaikat, saját negyedet (mehala) hozva létre. Több szentendrei templom a mai napig őrzi ezeket az elnevezéseket: a szerbiai pozserováciak a Pozsarevacskát, a szerémségi csiprováciak a Csiprovacskát az opovóiak az Opovacskát (mai református templom), a belgrádiak pedig a Belgrád székesegyházat építették. A katolikus vallású dalmátok külön negyedet alkottak, a Templomdombon és a Szamárhegyen, templomuk közelében.

A letelepedő szerbek nagy része iparos és kereskedő, más részük szőlőtermelő volt, szorgalmas munkájuknak köszönhetően Szentedre virágzásnak indult. A XVIII. századra Szentendre a megye harmadik legnagyobb városává, a magyaroroszági szerbek kereskedelmi, egyházi és kulturális központjává vált. Ebben az időben épült ki üzleteivel, barokk kereskedőházaival, újjáépített kőtemplomaival a középkori utcaszerkezetet megőrző, ma is látható kereskedőváros képe.

A szőlőtermelés fellendülését jelzi, hogy míg az 1720-as években 2000, addig a század végére 25000 akó bort készítettek a szentendrei szőlősgazdák, köztük a kor híres borait a vörösaszút és a rác ürmöst. 1833-ra 70.000 akós bortermelésével Pest-Pilis-Solt-Kiskun vármegye legnagyobb termelője lett.

A karlócai békekötés (1699) után a szerbek visszatelepülésével illetve más európai népek megjelenésével a város nemzetiségi összetétele megváltozott. A XVII. század végén, a XVIII. század elején Németország és Ausztria különböző tartományaiból svábok, északról pedig szlovákok jöttek a környékbeli pilisi falvakba és Szentendrére. A hódoltság után visszatért vagy idetelepült magyarok katolikusok és protestánsok, a Balkánról jött népek közül a dalmátok pedig római katolikusok voltak. A pravoszlávok, noha menekültek voltak, de mivel többen voltak, így átvették a város irányítását.